機組制冷方式主要有兩種,即風冷及水冷。早期建成的種質資源庫,采用的制冷機組制冷方式為水冷,投資大。種質資源庫冷負荷小,風冷制冷機組安裝方便,造價低。因此,后來建設的種質庫制冷機組基本都采用風冷式。國家農作物種質資源庫制冷機組制冷方式為風冷。機組為活塞式制冷壓縮機。制冷工作時壓縮機排出制冷劑(環保R404A)氣體,進入風冷式冷凝器中冷凝。冷凝后的高壓制冷劑液體經過蒸發器前的膨脹閥節流,使制冷劑降溫降壓后進入庫內蒸發器吸熱制冷。庫內膨脹閥及蒸發器為雙進雙出。制冷劑經過蒸發器吸熱蒸發成低壓氣體后被壓縮機吸入并再次壓縮進入下一循環，達到要求庫的內溫度后循環結束。
      除濕技術：種子儲藏庫所采用的除濕技術有電加熱除濕技術、冷凍電加熱化霜除濕技術、氯化鋰溶液除濕技術、熱氟回收技術等。冷凍除濕技術溫濕度聯合控制,占地面積小,可靠性高,使用壽命長,耗能低,維護費用低。國家農作物種質資源庫采用冷凍除濕形式,當庫內相對濕度高于要求時,熱回收或電加熱系統開始工作。熱回收系統壓縮機排出制冷劑氣體經過熱回收流量控制閥進入庫內加熱熱交換器,通過加熱蒸發器出風的冷濕空氣使空氣的相對濕度降低并送入庫內。制冷劑經過熱交換器冷凝后變成高壓液體,再通過膨脹閥節流降溫降壓后進入蒸發器吸熱并蒸發成氣體被壓縮機吸入。壓縮機再次排氣進入加熱熱交換器開始下一循環。電加熱方式是在蒸發器出風側熱交換器內加入特制電加熱管,使冷濕空氣經過加熱而降低相對濕度并送入庫內。庫內相對濕度達到設定值之下時除濕結束。