自從中國—東盟自貿區成立后，雙方在農業產業發展、技術交流、病蟲害防治、人才培養等方面的合作全面展開，雙方農業合作前景可觀。

目前，中國與東盟在農業領域的合作實際上已經超越單純的農產品“買進賣出”，如今雙方的農業合作已經擴展到種植業、畜牧業、水產養殖業、農產品加工、動物疫病防治、農村能源與生態等諸多領域，合作方式包括人力資源開發、農業科技交流、小型境外示范項目、農產品貿易促進等。盡管合作呈現出良好發展態勢，但一些業界人士認為，中國與東盟農業合作仍存在一些
農業合作領域仍然偏于狹窄、產品深加工能力不足、雙方農業發展不平衡這三個不足之處，并且建議中國與東盟各國今后農業合作應重點關注以下幾個方面：

第一，各方要本著互利共贏的原則，拋開短視和偏見，從長遠利益出發為農業合作提供持續穩定、通暢便捷的外部政策環境，特別是要在中國－東盟自由貿易區的大框架下，加強農業合作領域制度和政策的協調，為雙方農業合作提供便利化條件。

第二，農業技術合作潛力仍待挖掘。近年來中國依托自身農業發展技術優勢，已經與部分東盟國家開展了一系列現代農業技術合作項目，但目前絕大多數仍處于基地試點或示范階段，大規模推廣應用顯得比較滯后，迫切需要在相關國家合作建立現代農業技術推廣應用的良好機制。

第三，中國－東盟農業產業合作要向更高層級發展，特別是農副產品深加工、農業現代科技合作與應用、農產品現代物流體系建設應該成為雙方下一步合作的重點。未來雙方需要不斷增加科技投入，農業生物技術、農業信息技術、先進農業設施與裝備制造等方面的合作將使雙方農業產業合作領域不斷擴大。

據了解，目前中國與越南、泰國合作種植木薯、甘蔗發展生物質新能源，就是由中方企業提供高科技品種、生物化肥、免費技術指導和保價收購，同時外方提供土地和勞動力。在中國—東盟農業循環經濟高新技術產業園，農務通、遙感監測以及正在合作研發的一大批農業信息技術產品和先進農業設備，也將雙方的農業產業合作推向更高層級。